如今现代集约化生产方式对动物造成了明显的应激，影响了动物的生产性能、健康与福利。研究显示，益生菌可以用来管理应激、影响行为。
 　　双向信息传递的理论认为肠道也能够向脑传递信息。肠道微生物区系对宿主的功能具有深层的影响，脑的反应，比如说应激或焦虑，会影响肠道的生理，改变微生物的生境。而微生物区系反过来又会影响肠道生理以及肠粘膜免疫功能，最新的数据显示，微生物区系的扰乱还会影响行为。
 　 迄今为止，益生菌方面的研究还主要局限在消化道健康与功能方面：在人类当中预防腹泻或胀气、过渡期调节、乳糖过敏... 等等，在动物生产当中则用来提高饲料转化效率、控制病原等。近年来，科学家还研究了它和免疫系统的相互作用。通过作用于肠道微生物区系，益生菌还能影响脑-肠轴心。
 　 益生菌对行为、应激和焦虑的影响。对于现代畜牧生产中的动物来说，应激是个经常出现的问题。另一方面，为了控制病原、优化生产性能，作为一种天然的解决方案，益生菌也用得越来越多。益生菌对应激和行为也有影响，在畜牧生产当中可用来降低动物的应激。
 　　例如，在单胃动物分组会议当中，分娩对于母猪来说是一个高度应激的过程，同时这又是生产当中极端重要的一个环节。这个过程会诱发母猪消化道微生物区系产生明显的变化。有研究表明：益生酵母有助于在应激阶段稳定肠道微生物区系的正常，从而潜在地抑制机会病原的增值，从而提高动物的健康水平和生产性能。在另外一个研究当中表明，反刍动物专用酵母酿酒酵母I-1077可以帮助奶牛的采食模式变得更有规律。此外，有研究表明，益生菌还具有缓解焦虑症状的作用，产生一种‘类抗焦虑药’的效果。这种效果在以往的益生菌研究当中未见报导过。
 　　所有的益生菌都是不同的。各种菌株是不一样的，某种菌株的效果并不一定适用于其它的菌株，有必要根据健康状态来选择对应的益生菌。